DNAシークエンス解析サービスについて

利用については指導教員の承諾を受け、Webform(e-mail)で申し込みを行います。申請の受付後、サンプルをお持ち下さい。
 
 
● サービス概要

DNAシークエンス解析サービスは月・水・木の週3回実施しています。
データの送信は通常解析日の翌日(火・木・金)です。
(但し、業務の都合により結果送信が遅れることもあります)

ABI3500xl Genetic Analyzer(キャピラリー24本タイプ)を使用します。
約2.3時間の泳動で約800塩基(シークエンス反応が良好の場合)読むことができます。
泳動操作はすべて施設スタッフが行います。
申請は Webform をご利用下さい(学内のみアクセス可能)。
要領に従い必要事項を記入し、確認ボタンを押すと確認画面になります。確認後、送信を押すと管理室宛にe-mailが送信されます。

解析を開始する予定日時をお知らせします。
予定日時に合わせてサンプルをお持ち下さい。
解析終了後、e-mailでデータを圧縮後添付して送信します。

解析の順番は先着順となります。申請の受付後、センターから改めてe-mailにより連絡をします。解析日の指定はできません

申請→予定日確認→提出 の流れを守って下さい。
 
 
● DNAサンプルの調製について

・各自の実験室での処理

エタノール沈殿による精製+脱イオンホルムアミド溶解で20μl以上、BigDyeX Terminaterによる精製で20µl以上上澄み溶液が必要です。この量は推奨であり、時間の経過とともに蒸発することがありますので、余裕を持った容量で提出して下さい。
*2016年3月 BigDyeX Terminater精製の上澄み量を変更(40µl以上 → 20µl以上)

また、エタノール沈殿+ホルムアミド溶解による方法の場合、溶解後は2日間程度経つと蛍光強度の低下が見られるようになります。BigDyeX Terminater精製法による場合は室温で2日間、冷蔵で10日間程度保存可能です。いずれの場合もアルミホイル等で遮光して保存して下さい。

・共同利用実験室(301号室)へ持参する

1. チューブにサンプル名を書き、施設で用意している専用ケースにサンプルチューブを移し、カバーをする。

*チューブのネーミングでは事故等を未然に防ぐため、他の人のサンプルと区別がつくように記入して下さい。また可能な限り、連番の数字は末尾に付けて下さい
(EX. 1,2,3…のみのネーミングの場合、他の人と区別が難しい)

2. 専用ケースのカバーに日付、氏名、サンプル数を書いた付箋を貼り、共同利用実験室(301号室)にある冷蔵庫の所定の場所に入れる。


 
 
● データについて

ごく稀に塩基配列解析結果を送付した後、利用者から「seqファイルが見当たらないので再度送付して下さい」との問い合わせメールを頂きます。
通常、送られた結果の中に”seqファイル”が無い場合は、解析結果が思わしくなく、配列として扱うことができなかった場合がほとんどです。
その場合は適当な解析ソフトウェアを用いてクロマト(波形)のファイル(ab1ファイル)を調べることで、原因を明らかにする一助となるかと思われます。

このページの下部にある関連情報に「DNAシーケンス波形データ編集ソフトウェアについて」というページヘのリンクがあります。Mac OS、Windowsに対応したソフトウェアがありますので環境にあったものをご使用下さい。

WindowsであればLife technologies純正のSequence Scanner Software ver1.0が使いやすいと思われます。このソフトウェアを使用すれば”ab1ファイル”から波形データを見ることができます。
[2018.3.1 現在 windows7とwindows10での動作を確認しています]
 
 
● 料金等について

電気泳動料金
(学内利用者) 1サンプル 250円 *2015年4月改定

シークエンシングキット Big Dye Terminator v3.1(Life technologies)の分譲
 50µl 約8,300円(価格は変動、2018.3.1 現在)
* ×5 Sequence buffer(75μl) 1本込みの価格
* ×5 Sequence bufferは2本目から有償(約500円、価格は変動、2018.3.1 現在)

精製キット BigDyeX Terminator(Life technologies)の分譲
 100反応分 約22,700円(価格は変動、2018.3.1 現在)

◎ 2015年1月より改定
価格はいずれも学内利用の場合です。詳細は管理室までお問い合わせ下さい。

 
● 関連情報

 DNAシークエンサー ABI PRISM 3500xl Genetic Analyzer
 DNAシークエンサー ABI PRISM 3130xl Genetic Analyzer
 鹿児島大学遺伝子実験施設DNA解析初心者向け技術講習会用テキスト
 BigDye XTerminator 精製キットについて
 BigDye XTerminator 精製キットについて 2
 DNAシーケンス プロトコール
 DNAシーケンス波形データ編集ソフトウェアについて

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