Peak Scannerはフラグメント解析の波形を確認する際に、非常に使い勝手の良い無料ツールですが、Windows用のソフトであるためこれまでMacユーザーは使用できませんでした。今回、MacにおいてPeak Scannerを導入する方法を確立しましたので、Macユーザーの方は是非試してみて下さい。
*公開につきましては、lifetechnologies社の許可を得ております。
【Applied Biosystems™ Peak Scanner™ Software】
Peak Scanner SoftwareはDNAサイジングソフトウェアで、このソフトウェアを用いてDNAフラグメント解析を行います。サイズに応じてDNAフラグメントを分離し、そのプロファイルを表示し、フラグメントのサイズを正確に計算します。このソフトウェアにより、Applied Biosystemsジェネティックアナライザを用いて生成されたフラグメント解析データを表示、編集、分析、印刷およびエクスポートできます。
Peak Scannerは下記のページから入手して下さい。
*旧バージョンが必要な場合は施設までお問い合わせ下さい。
サンガーシーケンシングおよびフラグメント解析ソフトウェア
(ThermoFisher SCIENTIFIC)
● 1. 「Wine」というソフトウェアをインストールします。
*インストール方法は以下のページを参照下さい。
Wine3を利用してmacOSでWindowsアプリを動かそう
*インストールの種類で、必ず「64bit support(optional)」に✓を入れて下さい。
● 2. サイドバーに自身のPC名が表示されていない場合は、Finderの環境設定から表示するようにします。
● 3. 隠しフォルダを表示させるため、以下の操作を行います。
*Sequence Scannerは「.wine」という隠しフォルダ内にインストールされます。
① ターミナルを起動し、以下のコマンドを実行します。
defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUE
② 設定を適用させる為に、以下のコマンドでFinderを一度終了します。
killall Finder
● 4. ダウンロードしたPeak Scannerをインストールします。
*ダブルクリックするとデフォルトでwineが選択されます。
*指示に従ってインストールを終了します(特に設定は変更しません)。
● 5.
自身のPC名内から「.wine」>「drive_c」>「Applied Biosystems」と階層を下ります。
「PeakScanner」>「app」フォルダ内にある「PeakScanner_2.exe」を起動します。
● 6. ソフトウェアが正常に起動すると、画像のようになります。
● 7. このままでは少々データを開くのが面倒なので、エイリアスを作成します。
①「drive_c」にある”Applied Biosystems”フォルダのエイリアスを作り、
デスクトップに移動。 *「PeakScanner_2.exe」のエイリアスでもOK。
②「PeakScanner」に”Fragment Data”フォルダとエイリアスを作り、
デスクトップに移動。 *この中に実際のデータを入れる。
● 8. 一応、正常にDataを確認できました。
*動作が不安定なので、たまに落ちることがあります。
*画像はチュートリアルデータで公開に問題はありません。
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