Month: January 2007

プロテインシークエンス解析サービスについて

利用については指導教官の承諾を受け、Webform(e-mail)で申し込みをしてください。申請の受諾後、サンプルをお持ちください。 サービス概要 PE Biosystems Procise 492を使用します。 サンプル濃度は5pM〜200pMの範囲で解析が可能ですが、解析を支障なく行うためにサンプルの調製と解析のためのアプライ量について基準を設けています。解析を依頼される場合はそれにしたがっていただくようよろしくお願いします。 液状サンプル、ブロッテングしたサンプルの両方が解析できます。 液状サンプルの場合、バイオブレン処理(前処理 3サイクル 約2時間)が必要です。 両サンプルとも解析は読みたい残基数に3サイクル加えたサイクル数で運転します。 解析は1残基あたり30分必要です。運転開始約4時間後から1残基目の結果が出てきます。 運転操作は施設スタッフ行いますが、利用者に運転時のデータをみていただき、解析継続の判断をしていただきます。 利用方法 申請はWebformをご利用ください(但し学内のみ。学外からは直接施設までお問い合わせください)。 要領に従い必要事項を記入し、確認ボタンを押すと確認画面になります。確認後、送信を押すと管理室あてに送信されます。 解析を開始する予定日時をお知らせしますので、サンプルをお持ちください。 約2時間30分後よりブランクのデータが、約4時間後1残基目のデータが画面に表示されます。データを確認して、解析継続の判断をしていただきます。 解析の順番は先着順です。 解析は1日に1サンプルを予定しております。特定の利用者の占有を避けるため、1回の申し込みは2サンプルまでです。継続利用は予約状況により判断いたします。 サンプルの調製とアプライ量に関する基準と注意 濃度および量  解析時の適正濃度は 数10pM  です。それにあわせて濃度調整を行うようにして下さい。 申請時に、 液状サンプルの場合:アプライするサンプルの濃度を記入 PVDF膜サンプルの場合:アプライする膜が吸着している量を記入 して下さい。 許容範囲濃度を超えたサンプルを解析した場合、データの信頼性が損なわれ、次に解析するサンプルへ支障をきたします。 アプライ量 申請時に、液状サンプルの場合はアプライする量を記入してください。 適正なアプライ量は15micro litre以下です。 アプライできる最大量は50micro litreです。 PVDF膜サンプルの場合:アプライする分のみを持参 サンプル調製に用いる溶媒、試薬 使用できる溶媒 使用する試薬類はHPLCグレード以上の高純度試薬 酸類: 酢酸、トリフルオロ酸、ギ酸等 アルカリ類: トリメチルアミン、トリエチルアミン等 有機溶媒: アセトニトリル、メタノール、エタノール等  その他: 超純水 *通常は水溶液 例)0.1%−1.0%酢酸、0.1%TFA、30%アセトニトリル水溶液 使用できない溶媒 不揮発性バッファー類: リン酸塩、トリス、グリシン等 アミノ基をもったもの: トリス、グリシン、アンモニア、アンモニア塩、アンフォライン等 粘度の高いもの・不揮発性のもの: [Continue]

DNAシークエンス解析サービスについて

利用については指導教員の承諾を受け、Webform(e-mail)で申し込みをして下さい。申請の受諾後、サンプルをお持ち下さい。   サービス概要 DNAシークエンス解析サービスは月・水・木の週3回実施しています。 データの送信は通常解析日の翌日 (火・木・金) です。 (但し、業務の都合により結果送信が遅れることもあります。) ABI3500xl Genetic Analyzer(キャピラリー24本タイプ)を使用します。 約2.3時間の泳動で約800塩基(シークエンス反応が良好の場合)読むことができます。 泳動操作はすべて施設スタッフが行います。 申請は Webform をご利用下さい(但し学内のみ。学外からは直接施設までお問い合わせ下さい。) 要領に従い必要事項を記入し、確認ボタンを押すと確認画面になります。確認後、送信を押すと管理室宛にe-mailが送信されます。 解析を開始する予定日時をお知らせします。 予定日時に合わせてサンプルをお持ち下さい。 解析終了後、e-mailでデータを圧縮後添付して送信します。 解析の順番は先着順とさせて頂きます。申請を受け付けた後、センターから改めてe-mailにより連絡をします。 解析日の指定はできませんのでご了承ください。 申請→予定日確認→提出 の流れを守ってください。   DNAサンプルの調製について 各自の実験室において エタノール沈殿による精製+脱イオンホルムアミド溶解で20μl以上、BigDyeX Terminaterによる精製で20µl以上の上澄み溶液が必要です。この量は推奨であり、時間の経過とともに蒸発することがありますので、余裕を持った容量で提出してください。 *2016年3月 BigDyeX Terminater精製の上澄み量を変更 (40µl以上 → 20µl以上) また、エタノール沈殿+ホルムアミド溶解による方法の場合、溶解後は2日間程度経つと蛍光強度の低下が見られるようになります。BigDyeX Terminater精製法による場合は室温で2日間、冷蔵で10日間程度保存可能です。いずれの場合もアルミホイル等で遮光して保存してください。 機器分析室(4F)まで持参する 1. チューブにサンプル名を書き、施設で用意している専用ケースにサンプルチューブを移し、カバーをする。 チューブのネーミングでは事故等を未然に防ぐため、他の人のサンプルと区別がつくように記入してください。また可能な限り、連番の数字は末尾に付けて下さい。 (EX. 1,2,3…のみのネーミングの場合、他の人と区別ができません。) 2. 専用ケースのカバーに日付、氏名、サンプル数を書いた付箋を貼り、機器分析室にある冷蔵庫の所定の場所に入れる。   データについて ごく稀に塩基配列解析結果を送付した後、利用者から「seqファイルが見当たらないので再度送付して下さい」との問い合わせメールを頂きます。 通常、送られた結果の中に”seqファイル”が無い場合は、解析結果が思わしくなく、配列として扱うことができなかった場合が殆どです。 その場合は適当な解析ソフトウェアを用いてクロマト(波形)のファイル(ab1ファイル)を調べることで、原因を明らかにする一助となるかと思われます。 このページの下部にある関連情報に「DNAシーケンス波形データ編集ソフトウェアについて」というページヘのリンクがあります。 Mac OS、Windowsに対応したソフトウェアがありますので環境にあったものをご使用下さい。 WindowsであればLife technologies純正のSequence Scanner [Continue]