鹿児島大学 自然科学教育研究支援センター 遺伝子実験施設

ロシュ・ダイアグノスティックス社　パーソナル次世代シークエンサー（GS Junior）のセミナーの開催についてお知らせします。

• 日時：2012年5月11日(金曜) 13時00分〜14時30分
• 内容：
  GS Junior原理の説明（アプリケーションのご紹介）
  de novo ゲノム解析（20分）
  de novo cDNA アセンブリ（20分）
  メタゲノム解析（20分）
  ターゲットシークエンス（30分）
• 場所：遺伝子実験施設　セミナー室（1F）
• 担当：
  ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
  AS事業部 ゲノムシークエンスLCM部 アプリケーションサポート
  鈴木　克典




• 概要

　本セミナーではGS Juniorの原理及び応用例を紹介します。最近、“次世代シークエンサー”という言葉が流行していますが、実際使用するに当たりどのような使い道があるのか、使用するに当たり利点は何か、どのようなことに注意が必要なのかなど、より具体的に次世代シークエンサーの用途をイメージできるような内容となっています。

・ターゲットエンリッチメント
・多量のPCR産物を手軽に解析
・新たな解析方法“ウルトラディープシークエンス”

GS Juniorの仕様等詳細については下記のURLをご参照下さい。

• GS junior ベンチトップシステム

Affimetrix社 マイクロアレイ解析システム(GeneChip)のセミナーの開催についてお知らせします。

• 日時：2012年4月24日(火曜) 15時30分〜16時30分
• 内容：プレゼン形式でのGeneChipの概要及びアプリケーションの説明
• 場所：遺伝子実験施設　セミナー室（1F）
• 担当：アフィメトリクスジャパン株式会社　渋谷健太




• 概要

　Genechipが世に出てから15年ほどたちますが、その性能は飛躍的に向上しました。
　発売当初はハーフインチ四方のガラス基板に数万種類程度のオリゴヌクレオチドプローブ搭載が限度でしたが、現在では一枚に650万種類以上の配列の異なるオリゴヌクレオチドプローブを固相化することができます。集積度の向上により、DNAマイクロアレイは今や遺伝子の発現解析のみでなく、全トランスクリプトーム解析、SNP解析、エピジェネティクス解析、染色体コピー数解析といったものにまで応用範囲が広がっています。また、測定精度の大幅な向上によって、診断分野への取り組みも進んでおり、FDAがDNAマイクロアレイの性能評価を実施するプロジェクトチームを結成し予防診断、オーダーメイド医療への応用を模索しています。
　本セミナーでは、GenechipをはじめとするDNAマイクロアレイの概要を説明し、基礎研究分野で使用されている最新の実用例や論文紹介をすることによって、この技術の可能性を紹介することを目的とします。現在GeneChipを用いた査読付き論文の数は2万本を越えており、その多くは遺伝子発現解析ですが、最近は様々なアプリケーションによる幅広い研究分野に使用して頂いております。これらの紹介を通じて、GeneChip技術の概要をお伝えしたいと考えております。

GeneChipの仕様等詳細については下記のURLをご参照下さい。

• マイクロアレイ解析システム GeneChip

　昨年度から一部の機器については、試験的にオンライン予約システムによる運用を行ってきましたが、今年度からその対象となる機器を増やすことにいたしました。以下のリストにある機器については、あらかじめオンライン予約システムによって予約してから利用してください。

　サーマルサイクラー等、同じ機器が複数ある場合があります。自分が利用する機器を正しく予約するようにお願いいたします。また、共同利用であることを念頭に置き、占有してしまうような予約は絶対にしないで下さい。

個々の機器から専用の予約ページにリンクが貼ってあります。

• サーマルサイクラー・リアルタイムPCR

2F 試料調整室　PCR9700
3F RNA実験室　PCR9700 (No.3)　PCR9700 (No.4)　PCR9700 (No.5)　Veriti 200
4F 機器分析室　7300 Real Time PCR　StepOnePlus

• 質量分析装置

4F 機器分析室　Autoflex Speed TOF/TOF-KG

• マイクロプレートリーダ・分光光度計

4F 形態観察室　Infinite M200 FA　Mithras LB940
2F 試料調整室　NanoDrop-8000

• 画像解析装置

4F 形態観察室　LAS 1000　Typhoon FLA 7000

• 細胞破砕装置(ホモジナイザー)

2F 試料調整室　Sonifier 250A　BMS-12

• 遠心分離機

2F 試料調整室　HP-25(2F)　HP-25(3F)　HP-26XP　Optima-TL
3F 共同利用実験室　HP-25(3F)

• インキュベーター

4F 微生物培養室　BR-15 No.1　BR-15 No.2　BR-15LF　BR-23FP No.1　BR-23FP No.2

• 顕微鏡

4F 形態観察室　AX80　LMD6000

• 生体高分子分離・分析装置

3F RNA実験室　Bio-Plex 200　Profinia　ProteOn XPR36　Experion

• マイクロアレイ

4F 機器分析室　GeneChip Scanner 3000 7G

　予約システムの操作法はこちらを参照して下さい。
　オンライン機器予約システムの利用は専用アカウントが必要です。アカウントの登録は、登録申請書に必要事項を記入し管理室まで提出して下さい。
※アカウントの申請は毎年必要です。前年度利用していた場合でも、継続利用として申請を出して下さい。

　上記リストに含まれない機器については、これまで同様の利用方法となります。今後さらに予約システムの対象とした場合には、その都度お知らせいたします。

　遺伝子実験施設2階の試料調製室(203号室)に新しくBECKMAN COULTER製大型冷却高速遠心機(Avanti HP-26XP）を導入しました。

　また、今回導入したローター(JLA-8.1000)は1,000mLのボトルを最大6本(合計6リットル)8000rpmで遠心分離することが可能です(最大遠心力は15,900g)。大容量の遠心が必要であれば、ぜひこちらをご利用ください(従来型のHP-25も今まで通り利用できます)。

　本遠心機にはインバランス検出機能がありますが、このローターを使用する際はバランスには十分注意して下さい。

　Avanti HP-26XPの仕様等詳細については下記のURLをご参照下さい。

• 大型冷却高速遠心機 Avanti HP-26XP

　操作等不明な点がありましたら管理室までお越し下さい。

本年度の利用説明会と指紋登録を下記の要領で行います。
新規の登録者と、継続の登録者で昨年度途中に登録した方は、必ず参加して下さい。

参加者の人数が均等になるように日程を割り振っております。なるべく指定した日程でお越し下さい。都合の悪い場合に限り、6回のうちいずれかに参加して下さい。
新規登録者は説明会後、指紋登録を行いますので、全行程で1時間程度を要します。
　

• 研究代表者(指導教官)の方は、MLにて送信しましたメール(genet01178)に添付されたH24年度利用者説明会リスト_利用者用.xlsxを参照の上、対象の学生への周知をよろしくお願い致します。
• 未申請の学生及び教員で申請を希望される方は、事前にメールで連絡の上、遺伝子実験施設のHPより申請書をダウンロードして記入捺印して管理室まで提出下さい。
• 桜ヶ丘地区の施設利用者は今回の説明会の対象ではありません。
• 利用者登録申請書は毎年度提出が必要です。提出されていない方は期限(4月30日)を過ぎると入館できなくなります。

• 対 象 　 2012年度新規登録者および中期利用者説明会に参加していない2011年度途中登録者
• 日 程　　 4月11日(水)～13日(金)
• 時 間 　　各日、13時と15時の計6回
• 場 所 　　遺伝子実験施設 1F セミナー室
• 割り振り

4月11日(水)
13時から 　 工学部
15時から　 共同獣医学部

4月12日(木)
13時から 　 理学部
15時から 　 生物資源学科　

4月13日(金)
13時から 　 生物生産学科
15時から 　 水産学部、連大、自然科学教育研究支援センター、その他

　機器の更新に伴い下記の日程で施設のネットワークサーバーが断続的に停止します。
停止期間中は施設へのメール、DNAシーケンス申請等を受け付けることができませんの
でご注意願います(電話による連絡は可能です)。

• 2012年3月29日(木) 8時から4月1日(日)17時まで
• Mascotサーバも停止します。

作業が終了次第改めて連絡いたします。

更新に伴い送信されたメールデータが消失する事も予想されます。
申請等は28日12時までに送信していただくようご協力をお願いいたします。

2012年度の利用者登録および実験室等利用申請の受付を下記の通り行います。

なお、利用登録のための事務作業には時間を要しますので、申請には記載漏れ等の無いよう注意して提出して下さい。

2012年度新規登録者および2011年度途中登録者の施設利用説明会は、4月11,12,13日に学部ごとに指紋登録と併せて行う予定です。

• 利用者登録

毎年度必要です。遺伝子実験施設を利用する方は、登録申請書の〔新規・継続〕どちらかに○をし、必要事項を記入の上提出して下さい。
登録料金　学生・教員とも一人1,000円（利用料金として次年度に研究代表者に請求します）

• 実験室等利用申請

前期に実験室等を利用するグループを募集します。
施設利用料金はgenet:01168に添付の「施設 利用料金表」をご覧下さい。

• 締切日 2012年3月21日（水曜）17時 必着

※詳細については、genet:01168に添付の「登録・実験室利用申請について」を参照の上、申請してください。

genet:01168でお知らせしましたが、当遺伝子実験施設の所属するフロンティアサイエンス研究推進センターは、2012年4月から自然科学教育研究支援センター（仮称）として改組を予定しているところです。今回案内しています施設の利用申請等については、名称をはじめ従来通りの形式で実施致しています。

DNAシークエンス解析においてエタノール沈殿後に用いる脱イオンホルムアミドは保存状態によって劣化し、それが原因で解析に失敗するケースが以前ありました。
　　
最近の解析結果(Raw data)を見ていると、利用者の一部に同様のパターンがみられることがあります。

脱イオンホルムアミドは使用するサンプル数に応じて分注して保管するようにして下さい。また、劣化を防ぐためにもできるだけ冷凍保存をお奨めします。

一般的に脱イオンホルムアミドは水分を吸収し、ギ酸とアンモニアに分解することが知られています。保存する際、室温はもってのほかですが、冷蔵でも期間が長ければ結果に悪影響を与えるだけの劣化が認められる場合もあります。

現在残っている脱イオンホルムアミドがなくなり次第、今後は実費での分譲をすることになりました。

現在使用しているホルムアミドは以前使用していたものと違いグレードが高く、また容器も密閉性の高いスクリューキャップを使用していますので、その旨ご了承下さい。

脱イオンホルムアミド4本をDNAシークエンス解析1回分とし、依頼解析数に加算して年度末に請求しますので宜しくお願いします。

年末の解析予定は、12月26日(月曜)が最終日です。解析結果は27日(火曜)に送信します。
また、年始は1月4日(水曜)から再開いたします。

学内計画停電のため、下記の通り施設の利用を停止します。

• 日時：平成23年12月25日(日)　8時30分より17時00分まで
• 注意事項：

・当日は玄関が開きません。
・冷蔵庫、冷凍庫は稼動します。（RI実験室は除く。）
・培養室も停電します。
・停電開始時にエレベーターに乗っていると閉じ込められます。
※空調機器は自動復帰しません。